میزان کارمزد در شبکه بانکی در مقایسه با سایر بازارها بسیار ناچیز است، مدیرعامل شرکت ملی انفورماتیک با تاکید بر ضرورت اصلاح نظام کارمزد در صنعت بانکداری و پرداخت الکترونیکی تصریح کرد: در صورت عدم تغییر و اصلاح نظام کارمزدی فعلی، سرمایه‌گذاری برای توسعه زیرساخت‌های فنی و امنیتی این صنعت با بحران جدی مواجه خواهد شد.